Zabieg cystoskopii może być wykonywany w znieczuleniu ogólnym, znieczuleniu miejscowym lub bez znieczulenia, w zależności od indywidualnych potrzeb pacjenta oraz rodzaju procedury, która ma być wykonana.
W większości przypadków cystoskopia wykonywana jest w znieczuleniu miejscowym - na okolicę cewki moczowej lub do jej wnętrza podawany jest środek znieczulający. W uzasadnionych przypadkach, związanych ze stanem emocjonalnym pacjenta, może być również podane znieczulenie ogólne.
Podczas zabiegu pacjent jest zwykle umieszczany w pozycji leżącej na plecach, z nogami ułożonymi na podpórkach lub ze specjalnymi podpórkami, aby ułatwić dostęp do pęcherza moczowego.
Poza tym, w trakcie zabiegu cystoskop wprowadza się przez cewkę moczową do pęcherza moczowego, a obraz jest przekazywany na monitor, co umożliwia dokładne obejrzenie wnętrza pęcherza.